立法沿革與背景
本辦法依營業稅法第 19 條第 3 項及第 36 條第 1 項規定訂定。當營業人同時經營「應稅」及「免稅」貨物或勞務時，其進項稅額無法全額扣抵，須依一定比例分攤計算。本辦法即規範兼營營業人如何正確計算可扣抵的進項稅額，避免免稅部分的成本透過進項扣抵變相享受退稅利益。最近修正日期：95 年 12 月 21 日。
重點條文
第 1 條（制定依據）
本辦法依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱本法）第 19 條第 3 項及第 36 條第 1 項規定訂定之。
第 2 條（兼營營業人之定義）
本辦法所稱兼營營業人，指下列營業人：
- 依本法第四章第一節規定計算稅額之營業人，兼營應稅及免稅貨物或勞務者
- 依本法第四章第一節及第二節規定計算稅額之營業人（即同時有加值型及特種稅額計算之業務）
- 典型案例：醫療器材公司同時銷售「應稅」醫療設備及「免稅」醫療勞務
- 建設公司同時有「應稅」的商業不動產銷售及「免稅」的住宅銷售
- 補教業者同時經營「免稅」的教育勞務及「應稅」的教材銷售
- 是否屬於「兼營營業人」影響進項稅額的扣抵方式，非常重要
營業稅法第 8 條列舉免稅項目，包含：醫療勞務、教育勞務、出版品、住宅出租等。
第 3 條（不得扣抵比例之計算）
兼營營業人之「不得扣抵比例」計算方式：
不得扣抵比例 = 免稅銷售額及依第四章第二節計算稅額之銷售額合計 / 全部銷售額合計
各期（每二個月）申報時，依上一年度經稽徵機關核定之比例計算；新設立或上年度無相關資料者，以當期資料計算。
- 分母是全部銷售額（應稅 + 免稅 + 第二節銷售額）
- 分子是免稅銷售額 + 第二節銷售額
- 比例越高，表示免稅業務占比越大，能扣抵的進項稅額越少
- 各期先用上年度核定比例暫行扣抵，年底再用當年度實際比例調整
第 4 條（比例扣抵法 -- 各期申報）
採比例扣抵法之兼營營業人，各期申報時：
- 先將全部進項稅額減去依營業稅法第 19 條第 1 項規定不得扣抵之進項稅額（如交際費、自用乘人小客車等）
- 再乘以「(1 - 不得扣抵比例)」
- 得出當期可扣抵之進項稅額
公式：
當期可扣抵進項稅額 = (當期進項稅額 - 不得扣抵項目) x (1 - 不得扣抵比例)
- 比例扣抵法是預設方法，未申請者一律採用
- 計算簡單：不需區分每筆進項的用途
- 缺點：若應稅業務的進項比重較大，可能多繳稅
第 5 條（直接扣抵法 -- 各期申報）
採直接扣抵法之兼營營業人，各期申報時：
- 將進項稅額區分為三類：
- 專供應稅營業用：全額扣抵
- 專供免稅營業用：完全不得扣抵
- 共同使用：依不得扣抵比例計算
- 計算可扣抵進項稅額
公式：
當期可扣抵進項稅額 = 專供應稅用進項稅額 + 共同使用進項稅額 x (1 - 不得扣抵比例)
- 直接扣抵法需向主管稽徵機關申請核准後始得採用
- 需有明確的帳務分類，能區分各進項的用途歸屬
- 優點：若能清楚區分，應稅專用的進項可全額扣抵，較有利
- 缺點：會計處理較複雜，需逐筆歸類
- 一經核准採用，三年內不得變更
財政部 95 年台財稅字第 09504542320 號函：營業人申請改採直接扣抵法，應於年度開始前提出申請。
第 6 條（年度調整 -- 比例扣抵法）
採比例扣抵法之兼營營業人，於報繳當年度最後一期營業稅時，應依下列公式調整稅額：
調整稅額公式：
調整稅額 = 當年度已扣抵之進項稅額
- (當年度進項稅額 - 不得扣抵項目) x (1 - 當年度不得扣抵比例)
- 調整稅額為正數：表示多扣抵了，應補繳
- 調整稅額為負數：表示少扣抵了，可留抵或退稅
- 這是每年 1 月（申報 11-12 月期別）的重要作業
- 因為各期用的是上年度比例，年底要用當年度實際比例重新算
- 調整金額可能很大，營業人應提前試算，避免現金流衝擊
- 常見錯誤：忘記做年度調整，被稽徵機關補稅加罰
第 7 條（年度調整 -- 直接扣抵法）
採直接扣抵法之兼營營業人，於報繳當年度最後一期營業稅時之調整公式：
調整稅額公式：
調整稅額 = 當年度已扣抵之進項稅額
- (當年度進項稅額 - 不得扣抵項目 - 專供免稅用進項稅額
- 共同使用進項稅額 x 當年度不得扣抵比例)
- 直接扣抵法的年度調整也是在最後一期辦理
- 因為已區分專用與共用，調整金額通常比比例扣抵法小
- 但帳務處理更為繁瑣，需全年度逐筆正確歸類
第 8 條（購買國外勞務之稅額計算）
兼營營業人購買國外勞務，依營業稅法第 36 條規定計算應納營業稅額時，亦應依本辦法規定計算不得扣抵之進項稅額。
- 購買國外勞務（如國外顧問、軟體授權）需自行報繳營業稅（反向課稅機制）
- 報繳的稅額可作為進項稅額，但兼營營業人仍需依比例計算可扣抵部分
第 8-1 條（土地交易之處理）
兼營營業人銷售其非經常買進、賣出之固定資產中屬土地者，該土地之銷售額得不列入不得扣抵比例之計算。
- 這是避免「偶發性土地交易」扭曲不得扣抵比例的重要規定
- 例如：一般製造業偶爾出售廠房用地，若將土地銷售額計入分母，會大幅拉高免稅比例
- 「非經常買進、賣出」須依個案認定
- 建設公司以買賣土地為本業者，不適用本條排除規定
財政部 91 年台財稅字第 0910456324 號函：建設公司以銷售房屋及土地為業，其土地銷售額應計入不得扣抵比例。
第 9 條（施行日）
本辦法自發布日施行。
兩種方法比較
| 比較項目 | 比例扣抵法 | 直接扣抵法 |
|---|---|---|
| 是否需申請 | 不需要（預設） | 須向稽徵機關申請核准 |
| 進項分類 | 不需區分用途 | 須區分專用/共用 |
| 會計複雜度 | 簡單 | 較複雜 |
| 適合對象 | 免稅比例低或進項難以區分者 | 應稅專用進項比重大者 |
| 變更限制 | 可隨時申請改採直接扣抵 | 核准後三年內不得變更 |
| 年度調整 | 調整幅度可能較大 | 調整幅度通常較小 |
- 免稅銷售佔比 < 10%：用比例扣抵法即可，差異不大
- 免稅銷售佔比高且進項可明確區分：直接扣抵法較有利
- 建議先試算兩種方法的差異再決定
與 SmartTaxer 的關聯
對一般個人納稅人而言，本辦法的直接影響較小，但若個人同時為營業人（如斜槓族、自營商），且業務涉及免稅項目，則需注意：
- 兼營免稅業務時，進項發票不能全額扣抵
- 年底最後一期申報時須做調整計算
- 選擇計算方法會影響實際稅負
參考連結
- 全國法規資料庫：https://law.moj.gov.tw/LawClass/LawAll.aspx?pcode=G0340085
- 財政部主管法規共用系統：https://law-out.mof.gov.tw/LawContent.aspx?id=FL006087
- 財政部稅務入口網（兼營專區）：https://www.etax.nat.gov.tw/etwmain/tax-info/understanding/tax-q-and-a/national/business-tax/dual-status-business-entities-calculation/JEpQxM0